Los planes y programas de estudio se elaboran y están bajo la supervisión de la Dirección General del Bachillerato, lo que garantiza su constante actualización.
El estudiante de una PREFECO, además de cursar el bachillerato general, lleva una capacitación para el trabajo.
Al llegar al 3er semestre, el estudiante debe optar por la capacitación para el trabajo de su preferencia, misma que se imparte del 3º al 6º semestre.
A los maestros se les brindan cursos de superación y actualización, organizados por la Dirección General del Bachillerato durante los períodos intersemestrales.
Además de las materias académicas, en estas escuelas se imparten actividades para-escolares de educación artística, cultural y deportiva, en las que participan todos los alumnos.
Los eventos deportivos interprefecos son tradicionales a nivel nacional.
Por ser escuelas en que los padres de familia ayudan al sostenimiento de las mismas, existe una estrecha vinculación y trato con ellos, lo que permite conocer y dar mejor atención a los alumnos.